Agilentでは、対象のタンパク質のみを除去し、それ以外のタンパク質の除去は最小限に抑えることを目標としています。結合に特異性を持たせるために、ポリクローナル抗体が用いられています。マルチプルアフィニティ除去システムは、従来の製品に比べ、対象となる高濃度タンパク質を特異的に除去できることがわかっています。
- アフィニティ除去カラムに結合したタンパク質のフラクションをIn-Gelでトリプシン酵素消化し、LC/MS/MS分析を行ったところ、結合したフラクション内に検出された対象外のタンパク質は、Apolipoprotein-A1、Complement C3、Complement C4のみであることを示唆しています。これは、全体の割合から見るとわずかです。
- ELISAを行った結果、対象とするタンパク質の99%以上がアフィニティ除去カラムで除去されることが分かりました。
- 対象となるタンパク質の結合とカラムの洗浄の際使用する移動相（バッファA）の組成は、抗体がターゲットとしないタンパク質の除去を最小限に抑えるように調製されています。
- 低濃度タンパク質が高濃度タンパク質に結合していた場合でも、結合フラクション中から再度採取し、さらに詳しい分析を進めることも可能です。