一般的に、オートチューニングを使用するべきです：これは全範囲にわたって精度を最高にし、チューンパラメーターを最適化します。
5973および5975 GCMSでは、HEDはEM検出器の前に適合します。 HEDを適合することによって高質量域での精度が向上します。これがついた特性EIスペクトラをHED（5970/71/72あるいは他のメーカーの磁場タイプMS）のついていないMSと比較するには、標準スペクトラチューンをMSで行い、これによって、そのスペクトラパターンが他のユニットのスペクトラパターンと同様にする必要があります。
クイックチューニングは、イオンソースでのレンズ（レペラー/イオンフォーカスレンズ/入り口レンズ）の電圧調整が含まれていないこと以外は、オートチューニングと同様です。